Tàu chiến Khu trục Aegis đang tiến hành các cuộc tập trận công khai ở Vịnh Maizuru, nơi tình cờ, một tàu nước ngoài khả nghi gần đây đã được phát hiện. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki và Đội thám tử nhí đều nhận được một vé tham dự sự kiện này. Tuy nhiên, trong khi các hoạt động quân sự đang diễn ra, một trong những thành viên phi hành đoàn bắt gặp cánh tay trái bị đứt lìa của một trung úy. Conan sau đó phát hiện ra rằng một điệp viên nước ngoài có thể đã xâm nhập vào tàu chiến để lấy thông tin mật bằng mọi cách cần thiết. Nếu thông tin bị rò rỉ, tuyến phòng thủ của Nhật Bản sẽ bị lộ, khiến đất nước không được bảo vệ khỏi cuộc tấn công thù địch.
Với sự giúp đỡ của cảnh sát trên biển trong khi những người bạn và đồng minh khác điều tra trên đất liền, giờ đây Conan phải ngăn chặn cuộc khủng hoảng quốc gia này và xác định tên gián điệp vì lợi ích của Nhật Bản.