Tổ chức Tương lai rơi vào tình trạng hỗn loạn sau Trò chơi giết chóc cuối cùng và thủ phạm thực sự được tiết lộ. Khi một âm mưu tuyệt vọng nảy sinh từ một trong những người sống sót để thoát khỏi thế giới tuyệt vọng một lần và mãi mãi, các thành viên còn lại của Tổ chức Tương lai phải liên kết với nhau để ngăn chặn sự tàn bạo này diễn ra. May mắn thay, họ nhận được sự giúp đỡ từ một nhóm đồng minh khó tin khi họ chạy đua với thời gian để ngăn chặn thế giới của họ bị thay đổi.
Trong phần cuối cùng của cốt truyện Hope's Peak của sê-ri Danganronpa, những người chơi trong trò chơi chết chóc bất tận này bắt đầu hiểu ý nghĩa thực sự đằng sau sự tuyệt vọng, hy vọng và sự chuộc tội.