Năm 2055, bốn năm sau các sự kiện trong Danball Senki W. LBX đã trở thành sở thích lớn nhất thế giới, đủ lớn để các giải đấu chuyên nghiệp được thành lập và mọi người kiếm sống bằng nghề chơi LBX. Arata 14 tuổi là học sinh mới chuyển đến tại Học viện Tích hợp Kamui Daimon trên đảo Kamui, gần Nhật Bản. Được biết đến là tổ chức uy tín nhất trên thế giới về đào tạo người chơi LBX và thợ máy, để vào học viện đòi hỏi một rào cản cực kỳ cạnh tranh là trở thành nhà vô địch của ít nhất ba giải đấu chính thức. Cùng với các thành viên khác trong trung đội của mình, họ phải đối mặt với các đối thủ và khám phá những bí mật ẩn giấu trong học viện.
