"The Shepherd," một huyền thoại thành thị của Học viện Shiomi, được cho là xuất hiện trước những học sinh chăm chỉ để ban cho họ một điều ước.
Khi đang mải mê đọc sách bên trong Thư viện lớn nổi tiếng của trường, Kyoutarou Kakei, một sinh viên năm hai và là chủ tịch trên thực tế của Câu lạc bộ Thư viện, nhận được một email từ Shepherd báo trước một sự kiện sẽ thay đổi số phận của anh ta. Lo lắng trước tin nhắn, Kyoutarou chạy đến một ga xe lửa gần đó và chạm trán với bạn học Tsugumi Shirasaki, người được anh cứu khỏi bị tàu trật bánh đâm phải. Biết ơn những hành động anh hùng của mình, Tsugumi tham gia Câu lạc bộ Thư viện và mời Kyoutarou tham gia vào "Dự án hạnh phúc Shiomi" bí ẩn của cô. Cùng với các thành viên mới khác của câu lạc bộ, họ cố gắng làm cho học viện trở thành một nơi tốt hơn và khám phá ra danh tính của Shepherd bí ẩn.