Một năm đã trôi qua kể từ cuộc Nổi dậy Đen, một cuộc nổi dậy thất bại chống lại Đế quốc Britannia Thần thánh do Zero cảnh giác đeo mặt nạ lãnh đạo, người hiện đã mất tích. Bị thua thiệt khi không có người lãnh đạo cách mạng của họ, nhóm kháng chiến của Khu vực 11 - các Hiệp sĩ đen - thấy mình quá bất lực để chống lại sự tàn bạo do Britannia gây ra cho các Eleven, vốn đã gia tăng đáng kể để dập tắt mọi hy vọng về một cuộc nổi dậy trong tương lai.
Lelouch Lamperouge, mất hết trí nhớ về cuộc sống hai mặt của mình, đang sống yên bình bên cạnh bạn bè khi còn là học sinh trung học tại Học viện Ashford. Đối tác cũ của anh ta, C.C., không thể chấp nhận sự thay đổi này, cô ấy đã tự nhắc nhở anh ta về mục đích trong quá khứ của mình, hy vọng rằng kẻ chủ mưu Zero sẽ trỗi dậy một lần nữa để hoàn thành những gì anh ta đã bắt đầu, trong cái kết ly kỳ này cho bộ truyện.