Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen lấy bối cảnh ở một thực tại khác, nơi Tomoya Okazaki hẹn hò với đàn em của mình, Tomoyo Sakagami.
Tomoyo đã được bầu làm Hội trưởng Hội học sinh tiếp theo của trường. Đây là một tin tuyệt vời vì giờ đây cô ấy có thể nỗ lực hướng tới mục tiêu ngăn chặn những cây hoa anh đào của trường bị chặt hạ. Mặc dù Tomoya rất yêu cô ấy, vì anh ấy nổi tiếng là một kẻ du côn trong trường, nhưng mối quan hệ của anh ấy với Tomoyo đang khiến họ trở thành chủ đề bàn tán trong khuôn viên trường, điều này có thể ảnh hưởng đến vị trí Chủ tịch Hội học sinh của cô ấy. Sự phản đối của cộng đồng trường học đối với mối quan hệ của họ trở nên rõ ràng hơn khi Phó chủ tịch Hội học sinh và thậm chí cả ban giám hiệu nhà trường cảnh báo Tomoya hãy tránh xa Tomoyo.
Với bầu không khí tồi tệ ngày càng gia tăng rạn nứt giữa Tomoya và Tomoyo, liệu Tomoya có chịu khuất phục trước áp lực xã hội và làm theo những gì họ nói, hay tình yêu của họ dành cho nhau sẽ vượt lên trên tất cả?