Nhờ sự hy sinh của những anh hùng chiến tranh như Amuro Ray, năm thứ 105 của Universal Century chứng kiến một kỷ nguyên hòa bình khó giành được nhưng tồn tại trong thời gian ngắn. Liên bang Trái đất giữ một lực lượng quân sự trên hành tinh và các thuộc địa không gian xung quanh nó. Mặc dù cuộc nổi dậy của Char Aznable chống lại Liên bang lơ là đã gặp phải thất bại cuối cùng, triết lý cách mạng của ông về tự do thực sự cho tất cả mọi người vẫn tồn tại.
Mặc dù là con trai của một chỉ huy Liên bang nổi tiếng, Hathaway Noa là hiện thân của cả lòng trung thành bất diệt của người lính Amuro Ray và niềm đam mê quân sự của thủ lĩnh phiến quân Char Aznable. Bị ám ảnh bởi những ký ức về Cuộc nổi loạn của Char, Hathaway lãnh đạo một phe bất đồng chính kiến của riêng mình được gọi là Mafty. Anh ta lấy bí danh "Mafty Navue Erin" và thực hiện các hành vi bạo lực để nổi dậy chống lại sự chuyên chế ngày càng tăng của Liên bang.
Sau khi ngăn chặn âm mưu chiếm đoạt chiếc máy bay của một nhóm khủng bố tự xưng là Mafty, danh tính bí mật của Hathaway được phát hiện bởi một phụ nữ trẻ tên Gigi Andalucia. Hathaway kết bạn với cả Gigi và đại tá Liên bang Kenneth Sleg, nhưng cuộc sống hai mặt của anh ta gây nguy hiểm cho họ khi cuộc xung đột vũ trang giữa Mafty và Liên bang trở nên gay gắt.