Những trao đổi thầm lặng giữa cộng đồng nữ sinh viên của Học viện Shinyo xoay quanh một thực thể siêu nhiên bí ẩn. Thực thể này là Boogiepop, một Shinigami được đồn đại là giết người ở đỉnh cao sắc đẹp trước khi sức hấp dẫn của họ suy yếu. Ít ai biết được bản chất thật của anh ta: một người bảo vệ, giữa những khoảng thời gian ngủ đông, hiện thân dưới dạng bản ngã thay thế của một nữ sinh trung học tên Touka Miyashita để chống lại "kẻ thù của thế giới." Giờ đây, một chuỗi các vụ mất tích bí ẩn - được nhà trường cho rằng chỉ là những kẻ bỏ trốn - đã khiến Boogiepop thức tỉnh. Nhưng ở đâu đó trong học viện, một sinh vật đáng sợ đang ẩn náu, chờ thời cơ để tấn công.
Boogiepop wa Warawanai khám phá một cách tinh tế mối liên hệ nội tại giữa con người và nhận thức của họ về thời gian, đồng thời đào sâu vào các mối quan hệ phức tạp, cảm xúc, ký ức và quá khứ của các nhân vật.