Năm mươi năm trước, những sinh vật bí ẩn được gọi là "Người khổng lồ" đột nhiên xuất hiện trên khắp thế giới, gây ra mối đe dọa hiện hữu cho loài người. Để chống lại những mối đe dọa này, những người lính dưới hình dạng các cô gái tuổi teen được gọi là "Lilies" sử dụng năng lượng "Magie" trong cơ thể họ để cung cấp năng lượng cho vũ khí có tên "Counter Huge ARMS" hoặc "CHARMS".
Sau khi được cứu bởi một Lily hai năm trước khi sơ tán khỏi một cuộc tấn công khổng lồ, Riri Hitotsuyanagi đã thề sẽ tự mình trở thành một Lily. Cô đăng ký vào học viện danh tiếng Yurigaoka, nơi đào tạo của Lilies, và phát hiện ra rằng một trong những người bạn cùng lớp của cô là Yuyu Shirai - chính Lily đã cứu cô. Tuy nhiên, khiến cô ấy bối rối, người mà cô ấy nghĩ là vui vẻ hóa ra lại khá chống đối xã hội và thích chiến đấu một mình. Dù vậy, Riri vẫn mong muốn được hòa thuận với Yuyu và sẵn sàng làm bất cứ điều gì có thể để đạt được mục tiêu đó.
Với Yuyu và các Lilies khác bên cạnh, hành trình trở thành một trong số họ của Riri vừa nở hoa!