12.000 năm sau các sự kiện trong Genesis Aquarion, con người sống trên ngôi sao Vega dưới sự đe dọa thường xuyên của những sinh vật xuyên chiều được gọi là Kẻ bắt cóc. Những kẻ thù này bắt nguồn từ ngôi sao chị em của Vega là Altair và tấn công Vega để lấy mạng con người. Như một biện pháp đối phó, một tổ chức được gọi là Neo-DEAVA được thành lập để chống lại Kẻ bắt cóc. Họ điều khiển những bộ đồ cơ khí tiên tiến được gọi là Aquaria và được phân biệt nghiêm ngặt theo giới tính. Trai gái không được tiếp xúc; họ thậm chí còn bị hạn chế chiến đấu trên cùng một chiến trường. Tuy nhiên, các sự kiện có một bước ngoặt gây sốc khi một bộ đồ cơ khí tiên tiến của Kẻ bắt cóc tham gia vào cuộc chiến. Hai thiếu niên Mikono và Amata bị kéo vào cuộc xung đột. Vô tình, Amata đã thực hiện một điều cấm kỵ khi triệu hồi một Aquaria và khởi tạo cái được gọi là Liên minh bị cấm giữa Aquaria nam và nữ. Neo-DEAVA bị sốc và hậu quả từ hành động của Amata còn lớn hơn nhiều so với những gì anh ấy nhận ra. Làm thế nào mà anh ta có thể triệu tập một Aquaria? Anh ấy đã học cách thành lập Liên minh bị cấm ở đâu? Và tại sao Mikono cũng có thể điều khiển bộ đồ cơ khí?
