Vào năm 2039, ảnh hưởng mạnh mẽ của hiện tượng ấm lên toàn cầu đã khiến mực nước biển dâng cao, dẫn đến mất đất lớn. Để đảm bảo nhân loại học được bài học của mình, một đội tàu chiến hùng mạnh được trang bị vũ khí tối tân đã xuất hiện, gây ra thất bại nặng nề cho lực lượng hải quân trên toàn thế giới. Tự gọi mình là Hạm đội Sương mù, mỗi con tàu có một "Mô hình Tâm thần", một hình người đại diện cho trái tim của con tàu, "Lõi Liên minh" của nó. Mỗi người mẫu có một tính cách khác nhau nhưng tất cả đều tuân theo một cơ quan vô danh được gọi là Bộ luật Hải quân, người đã thực hiện phong tỏa để ngăn chặn con người đi qua biển.
17 năm sau cuộc phong tỏa, Gunzou Chihaya, một cựu sinh viên Học viện Hàng hải Quốc gia, tình cờ gặp I-401 và Mẫu tâm thần của nó, Iona, người đã sát cánh cùng nhân loại mà không rõ lý do. Tận dụng hy vọng đạt được hòa bình mới cho nhân loại này, Gunzou và những người bạn của mình đã thành lập một nhóm các binh nhì, được gọi là Blue Steel, khi họ bắt đầu một cuộc hành trình nguy hiểm.