Sau hậu quả của Amagami SS, học sinh trung học Junichi Tachibana tiếp tục mối quan hệ của mình với các cô gái ở trường của mình. Amagami SS + Plus cung cấp một cái nhìn thoáng qua về những gì đã xảy ra sau khi giải quyết câu chuyện cá nhân của mỗi cô gái.
Những sự kiện mới bắt đầu xảy ra giữa mỗi cô gái và Junichi. Tsukasa Ayatsuji, lớp trưởng, tranh cử chức hội trưởng hội học sinh; Rihoko Sakurai, người đã tiếp quản Câu lạc bộ Trà với Junichi, vẫn muốn thổ lộ tình cảm của mình với anh ấy; Ai Nanasaki đặt câu hỏi về tương lai của mối quan hệ của cô với Junichi khi anh rời đi học đại học; Kaoru Tanamachi tự hỏi liệu mối quan hệ của cô và Junichi có bao giờ tiến xa hơn không; Sae Nakata và Junichi đối phó với những người bạn cùng lớp, những người vẫn không thể tin rằng một người dễ thương như vậy lại là bạn gái của mình; và Haruka Morishima muốn đưa mối quan hệ của họ lên một tầm cao mới và kết hôn.